Zbirke
Začela je nastajati že v prvi polovici 19. stoletja (med prvimi predmeti je muzej pridobil bronastodobno orožje iz Ljubljanice, dar župana Hradeckega iz leta 1840 in depojsko najdbp iz Jurke vasi iz leta 1868). S številnimi arheološkimi raziskavami na tedanjem Kranjskem od leta 1875 dalje pa se je že takrat oblikovala kot najpomembnejši fond prazgodovinskega gradiva v slovenskem prostoru. Do konca 30-ih let 20. stoletja je obsegala okrog 12.000 inventariziranih predmetov. Novi sklop, ki se je oblikoval po letu 1946, pa vsebuje nekaj več kot 26.000 inventariziranih predmetov. Tako prazgodovinska zbirka danes šteje več kot 38.000 inventariziranih predmetov, poleg njih pa še preko 100.000 evidentiranih pretežno keramičnih najdb z velikih naselbinskih izkopavanj zadnjih desetletij.
Pomembni sklopi gradiva iz nekaterih prazgodovinskih obdobij ustrezno in atraktivno orisujejo arheološko dogajanje v slovenskem in širšem merilu. Med njimi velja izpostaviti paleolitsko jamsko najdišče Divje babe nad Idrijco s slavno neandertalčevo koščeno piščaljo in z bogatim musterjenskim gradivom, kolišča iz mlajše bakrene dobe z Iga na Ljubljanskem barju z bogato okrašenim keramičnim gradivom in sledovi najstarejše metalurgije, sklop posamičnih in depojskih najdb iz bronaste dobe, med katerimi so najpomembnejše najdbe orožja iz Ljubljanice ter depoji iz Jurke vasi, Črmošnjic in Dragomlja. Jedro prazgodovinske zbirke še danes predstavljajo grobne najdbe iz najpomembnejših železnodobnih dolenjskih, zasavskih in belokranjskih grobišč (Vače, Stična, Šmarjeta, Novo mesto, Magdalenska gora, Podzemelj itd.), med katerimi so najpomembnejše figurativno okrašene situle, obrambno orožje in etruščansko uvoženo posodje.
Obsega približno 25.000 predmetov. Večji najdiščni sklopi so Ljubljana, rimska Emona z grobišči (predvsem najdbe z izkopavanj od konca 19. stoletja do prve svetovne vojne), Drnovo, rimski Neviodunum z grobišči (najdbe izvirajo z izkopavanj v 80-ih letih 19. stoletja), Ajdovski gradec nad Vranjem pri Sevnici (poznoantična naselbina z grobiščem; raziskovanja v letih 1970-1990) in Hrušica (rimska obcestna postaja in utrdba Ad pirum; izkopavanja v letih 1971-1979).
Zgodnjesrednjeveška zbirka
Zgodnjesrednjeveška arheološka zbirka v Narodnem muzeju Slovenije je začela nastajati ob izkopavanjih na Pristavi pri Bledu (1948-1951), vanjo pa so bile vključene tudi najdbe iz Lajha v Kranju, ki so bile pridobljene že v začetku 20. stoletja. Obsega več kot 5000 predmetov, ki izvirajo iz obdobja preseljevanja ljudstev (5. in 6. stoletje) ter slovanskega obdobja (7.-10. stoletje). V zbirki so najdbe s številnih najdišč, naprimer z blejskega Otoka (izkopavanje grobišča in cerkve v letih 1962-1965), Sebenj pri Bledu (zakladna najdba orodja) in Gradišča nad Bašljem (izkopavanje naselbine leta 1998).
Zbirka visokega in poznega srednjega veka ter novega veka
Zbirka šteje približno 15.000 predmetov in je začela nastajati ob arheoloških izkopavanjih opuščene srednjeveške naselbine Otok pri Dobravi na Dolenjskem (1967-1984). S tega najdišča, datiranega v obdobje od 11. do 15. stoletja, muzej hrani približno 10.000 kosov keramike in 2500 predmetov iz kovine, nekaj tudi iz stekla, kosti in kamna. Drugi, majhni sklopi najdb v zbirki so večinoma iz srednjega, a tudi iz novega veka. Izhajajo z arheoloških izkopavanj, sondiranj in terenskih pregledov, izvedenih tako ob koncu 19. in v prvi polovici 20. stoletja (na primer iz Ljubljane, Starega trga pri Ložu, z Loga v Bohinju) kot tudi v 2. polovici 20. stoletja (na primer iz Krke pri Kostanjevici in s Prežeka na Dolenjskem). Hranimo tudi izbor predmetov z arheoloških izkopavanj novoveške ceste (18.-20. stoletje) na avtocestni trasi na Mrzlem Polju pri Ivančni Gorici (leta 1998). Nekaj predmetov z različnih manjših najdišč pa je bilo najdenih naključno ali izkopanih nestrokovno (na primer na Pustem gradu nad Lipnico); muzej jih je pridobil predvsem v 80. in 90. letih prejšnjega stoletja.
V lapidariju je shranjenih več kot 250 kamnitih spomenikov, med njimi 180 rimskih kamnov z napisi. Začetki te zbirke sodijo v prvo polovico 19. stoletja.
Največ kamnov z napisi izvira iz Ljubljane (rimskega mesta Emona), drugi pa z Iga in okolice (rimskodobno vaško naselje staroselcev severnojadransko-keltskega porekla), Trojan (rimske cestne in carinske postaje Atrans), Trebnjega (rimskega naselja Praetorium Latobicorum), Drnovega pri Krškem (rimskega mesta Neviodunum) in drugih najdišč. Večina teh kamnitih spomenikov je bila odkrita naključno in le majhen del z izkopavanji.
Do leta 1995 je bila večina teh spomenikov vzidana v stene hodnikov v pritličju muzejske stavbe, nekaj spomenikov pa je bilo razstavljenih na muzejskem vrtu. Sedaj sta urejena nov lapidarij v pritličju muzeja in pokriti lapidarij na muzejskem vrtu.
Zbirka najdb iz reke Ljubljanice
Iz Ljubljanice muzej hrani približno 5500 predmetov, od teh jih je v novi zbirki inventariziranih približno 2000. Glavni sklopi najdb izvirajo iz bakrene in bronaste dobe, ko so stala na Ljubljanskem barju koliščarska naselja, orožje iz zgodnje rimske dobe dokumentira prve vdore Rimljanov, srednjeveški in mlajši predmeti pa potrjujejo, da je bila Ljubljanica pomembna plovna pot vse do moderne dobe, ko je promet po reki zaradi železnice zamrl.
Fotografija: Najdbe iz reke Ljubljanice. Različna obdobja, od prazgodovine do srednjega veka. (foto Tomaz Lauko)
Majhna zbirka (okoli 160 predmetov) staroegiptovskih starin v Narodnem muzeju Slovenije je nastala z darili. Edino človeško egipčansko mumijo v Sloveniji (www.nms.si/mumija) je muzeju 1846. leta podaril zbiralec in ljubitelj starin Anton pl. Lavrin, avstrijski generalni konzul v Egiptu. Večino egipčanskih predmetov v muzeju pa predstavlja leta 1936 podarjena zbirka barona Jožefa Švegla, uslužbenca (nazadnje generalnega konzula) avstrijskega oziroma avstro-ogrskega konzulata v Aleksandriji v 60-ih letih 19. stoletja. Med najpomembnejše predmete te zbirke sodita stilizirani ženski figurici z začetka 2. tisočletja pr.n.š.
Zbirka dediščine starega Egipta
Majhna zbirka (okoli 160 predmetov) staroegiptovskih starin v Narodnem muzeju Slovenije je nastala z darili. Edino človeško egipčansko mumijo v Sloveniji je muzeju 1846. leta podaril zbiralec in ljubitelj starin Anton pl. Lavrin, avstrijski generalni konzul v Egiptu.
Večino egipčanskih predmetov v muzeju pa predstavlja leta 1936 podarjena zbirka barona Jožefa Švegla, uslužbenca (nazadnje generalnega konzula) avstrijskega oziroma avstro-ogrskega konzulata v Aleksandriji v 60-ih letih 19. stoletja. Med najpomembnejše predmete te zbirke sodita stilizirani ženski figurici z začetka 2. tisočletja pr.n.š.